南山风景名胜区管理处内设办公室、经营管理科(营销部)、保卫科、财务科、绿化基建科5个科室;下设招隐景区、文苑——竹林景区、磨笄山、黄鹤山景区、丰景旅行社、茶场、南林工区、陵墓管理办公室,森林防火大队等8个基层部门与班组。